Αρνητική δηλώνει η Σύνοδος Πρυτάνεων στο νέο σύστημα χρηματοδότησης των ΑΕΙ, που προτείνει η υπουργός Παιδείας Νίκη Κεραμέως. Οι πρυτάνεις δέχονται να υπάρχουν –επιπλέον της σημερινής συνολικής χρηματοδότησης– διαθέσιμα κονδύλια ως επιβράβευση εάν υλοποιήσουν συγκεκριμένους ακαδημαϊκούς και ερευνητικούς στόχους, αλλά απορρίπτουν την πρόταση της υπουργού το 20% της κρατικής χρηματοδότησης να χορηγείται στα ΑΕΙ εάν πιάσουν συγκεκριμένους στόχους.
Ειδικότερα, το σύστημα χρηματοδότησης που προτείνει το υπουργείο προβλέπει ότι το 80% της χρηματοδότησης των ΑΕΙ θα ορίζεται με βάση συγκεκριμένους, αντικειμενικούς δείκτες (π.χ. αριθμό εισακτέων, εκτιμώμενο κόστος ανά φοιτητή, διάρκεια προγραμμάτων σπουδών, εργαστήρια, διασπορά τμημάτων). Το υπόλοιπο 20% θα χορηγείται με βάση τις επιδόσεις κάθε ΑΕΙ σε συγκεκριμένους δείκτες· μεταξύ αυτών είναι η επαγγελματική απορρόφηση των αποφοίτων, οι δράσεις εξωστρέφειας των Ιδρυμάτων, η αναλογία πτυχιούχων/εισερχόμενων φοιτητών, ο αριθμός των δημοσιεύσεων και των ετεροαναφορών ανά καθηγητή. Κάθε Ίδρυμα θα επιλέγει την ομάδα κριτηρίων στα οποία θέλει να αξιολογηθεί για να λάβει το 20% της ετήσιας χρηματοδότησης που του αναλογεί.
Σε τηλεδιάσκεψη των πρυτάνεων την περασμένη Παρασκευή διεφάνη η γενική αντίθεσή τους στο 80%-20%, καθώς ενέχει τον κίνδυνο της μείωσης της χρηματοδότησης. Συγκεκριμένα, ήδη η χρηματοδότηση των πανεπιστημίων έχει μειωθεί σημαντικά και τα Ιδρύματα ετησίως ζητούν αύξηση της χρηματοδότησής τους ενώ ετησίως επίσης λαμβάνουν έκτακτες χρηματοδοτήσεις. Φέτος, όπως παραδέχθηκε προ ημερών η κ. Κεραμέως, ως έκτακτη χρηματοδότηση στα ΑΕΙ δόθηκαν συνολικά περί τα 27 εκατομμύρια ευρώ για να καλύψουν λειτουργικά έξοδα όπως οι λογαριασμοί ΔΕΚΟ. Η κριτική που ασκείται στο σχέδιο του υπουργείου Παιδείας είναι ότι θέτει υπό αίρεση το 20% του προϋπολογισμού των ΑΕΙ.
Επίσης, στη συνεδρίαση της Συνόδου Πρυτάνεων διατυπώθηκε προβληματισμός σε σχέση με τη στελέχωση της Εθνικής Αρχής Ανώτατης Εκπαίδευσης (ΕΘΑΑΕ), που θα ιδρυθεί με ενισχυμένες αρμοδιότητες, σε αντικατάσταση της προϋπάρχουσας Αρχής Διασφάλισης και Πιστοποίησης της Ποιότητας στην Ανώτατη Εκπαίδευση (ΑΔΙΠ). Οι πρυτάνεις υποστηρίζουν ότι θα υπάρξει μία ακόμη Αρχή που, εμμέσως, θα επιλέγεται από το υπουργείο Παιδείας και θα έχει ενισχυμένες αρμοδιότητες. Ενδεικτικά ειπώθηκε ότι δεν αποκλείεται να υπάρξει κλείσιμο τμημάτων και λειτουργικός κλυδωνισμός ΑΕΙ, και δη περιφερειακών σε συνδυασμό και με μία πιθανή μείωση των κονδυλίων προς τα ΑΕΙ εάν τυχόν δεν καταφέρουν να υλοποιήσουν τα κριτήρια για να πάρουν και το 20% της χρηματοδότησης.